これまでのあらすじ

新たな館長を得た世界図書館のまえにあらわれる敵の影！

長らく、異世界への旅に出たまま連絡がとれない状態が続いていたエドマンド館長の所在がはっきりしたのもつかの間、館長代理を務めるアリッサの父が壱番世界で不審な仮死状態で発見された事件などを巡り、エドマンド館長は追放処分となります。

そして、アリッサが、彼の後を継いで新たな館長に就任することとなりました。

一連の出来事は、世界図書館を創設したとされる一族『ファミリー』が、複雑な人間関係を持ち、０世界にまつわるなんらかの秘密を隠しているというを疑念を、ロストナンバーたちに抱かせずにはいられないのでした。

一方、世界群では、奇妙な事件が起こりつつありました。

世界図書館に所属しないロストナンバーと思われる存在が、各地にあらわれはじめたのです。それは、新たな戦いの始まりを告げるものでした――。

～第２章：世界樹旅団編～
第１章：館長編のあらすじはこちら
	新たな館長に就任したアリッサ。彼女がまず手がけた仕事は「世界司書たちの慰安旅行」を催すことでした。 海神祭
	前館長エドマンドの従兄弟であり、世界図書館上層部『ファミリー』の一員であるロバート卿が、ロストナンバーたちを壱番世界に招待してくれました。 ロバート卿の招待～超豪華ドバイツアー～ ロバート卿の招待：後日談
	謎のロストナンバー集団「世界樹旅団」により、走行中のロストレイルが襲撃を受けました。 ロストレイル襲撃！
	襲撃により捕らわれた仲間と、奪取された車両を取り戻すため、モフトピアにある敵の前線基地へ向けて、トレインウォーが発動されました。 VS世界樹旅団　モフトピアの会戦
	トレインウォーによって破壊された、世界樹旅団の基地の跡地に、不思議な効能のある温泉が沸き出しました。 出現！モフトピア温泉
	ロストレイル襲撃に加わっていた世界樹旅団の一人は、捕らえられ、ホワイトタワーに収監されていました。この人物の処遇をどうするべきか、話し合いが行われました。 【ホワイトタワー】その男、パン屋のハンス ハンスとの面会の様子
	ロストレイル襲撃で敵方に捕らえられ、モフトピア会戦の後も行方が知れなかった２名のロストナンバーが、世界樹旅団と行動をともにしていることが判明しました。 ダスティンクルの災厄
	ヴォロスの辺境・ダスティンクルの元ロストナンバーの領主から祭りへの招待状が届きました。 掲示板：【烙聖節】祭の夜 掲示板：【烙聖節】仮面舞踏会
	アリッサの発案で５つの世界をまたにかけた超スケールの運動会が行われました。 世界横断運動会
	この年のターミナルでも、クリスマスの催しが行われました。 ターミナルのクリスマス2012
	「年越し特別便」が運行し、異世界の新年へ旅人たちを案内しました。 年越し特別便2011→2012 掲示板：みんなの年賀状2012
	インヤンガイで世界樹旅団のツーリスト「シャドウ・メモリ」を捕獲しました。シャドウに対する尋問が行われる一方、彼の身柄をひきとりたいとする人物から接触がありました。 【夢の上】前夜祭　－黒の咎狗－ 【世界樹旅団】シャドウ・メモリに尋問 謎の『銀猫伯爵』 【世界樹旅団】銀猫伯爵との対面
	チェンバーでとれたカカオと果物からつくられたチョコレートには傍迷惑な効果が！　しかし甘露丸のお菓子教室は強行されるのでした……。 不思議なカカオ
	ロストナンバーのひとり日和坂 綾がブルーインブルーで要人襲撃の嫌疑をかけられるという事件が起こりました。疑いを晴らすために向かったジャンクヘヴンで、綾が拉致されてしまいます。 【赤の手配書】鐘楼追複曲 【赤の手配書】渦中遁走曲
	綾の救出と、ジャンクヘヴンへの対応を目的とする特命部隊が派遣されました。派遣隊は綾が最強の列強海賊、鉄の皇帝ジェロームに捕らわれたことをつきとめます。 第２次ブルーインブルー特命派遣隊
	海賊ジェロームが大規模な侵攻を開始。綾の救出と、ジャンクヘヴンの防衛のため、ジェローム海賊団との戦闘が行われました。 決戦！ジェロームポリス
	アリッサの案内で、イギリスのベイフルック邸の一般公開が行われました。 ベイフルック邸ガイドツアー
	壱番世界に世界樹旅団のツーリストが出現。かれらを追跡することになりました。 飛んで！世界遺産
	世界樹旅団が、壱番世界の「世界遺産」１８か所に対して襲撃を行いました。 侵略の植樹
	セカンドディアスポラで発見された世界のひとつ『朱い月に見守られて』を世界樹旅団が急襲。旅団がヴォロスで育成した超巨大ワームの侵食で世界が崩壊してしまいました。ワームを倒すためのトレインウォーが発令されました。 竜星の戦い
	滅びた世界『朱い月に見守られて』の住人を救済するため、生き残った大地の一部をヴォロスに運び込みました。 竜星の航海
	世界樹旅団の穏健派、銀猫伯爵の手引きにより、旅団の本拠地「彷徨える森と庭園の都市・ナラゴニア」へ潜入調査が行われました。 【世界樹旅団】彷徨える森と庭園の都市・ナラゴニアの祈り 【世界樹旅団】逆転運命の連星
	ナラゴニア潜入作戦の結果、同地に残留したままになってしまっているロストナンバーからメッセージが届きました。 ナラゴニアからの連絡
	「カンダータでなにかが起こる」というあいまいな予言に導かれ、永久戦場・カンダータで行われているお祭りに参加しました。 カンダータ　夏の軍人祭 ノアの長い一日
	世界樹旅団のツーリストが０世界に侵入し、ターミナルに大量のワームが出現しました。 ホワイトタワーの崩壊
	不審な疑惑の真偽を確かめるため、『ファミリー』の長老・リチャード卿が支配するチェンバー『虹の妖精郷』への潜入調査が行われました。 秘密の集まり 虹の妖精郷へ潜入せよ 虹の妖精郷へ潜入せよ：第２ターン
	世界樹旅団がその拠点世界『彷徨える森と庭園の都市・ナラゴニア』ごと０世界に侵攻してきました。 進撃のナラゴニア
	世界樹が０世界への侵食をはじめる中、１２台のロストレイルをすべて投入した大作戦により、世界樹旅団との最終決戦が行われました。 マキシマム・トレインウォー
第３章：螺旋の旅路編へ

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